В конце игры таинственная фигура, известная как G-Man вытаскивает Гордона из Зена, где тот одолел лидера сил пришельцев, Нихиланта, и делает ему предложение работы. Вынужденный согласиться, Гордон отправляется в стазис приблизительно на двадцать лет.
[HEADING=1]Глава 1: [I]Запутанность[/I] (англ. [I]Entanglement[/I])[/HEADING] [QUOTE] Я заметила, что Альянс отправляет припасы в Зону карантина. Она пустовала много лет. — [I]Аликс Вэнс[/I] [/QUOTE] [I]Half-Life: Alyx[/I] начинается за пять лет до прибытия Гордона Фримена и начала Восстания в Сити 17. Члены Сопротивления, 19-летняя Аликс Вэнс, её отец Илай и будущий компаньон, Рассел крадут у Альянса мини-реактор. Однако, Илай узнаёт о существовании странного парящего объекта в Карантинной зоне Сити 17, чем привлекает внимание со стороны Альянса, в результате чего Аликс и Илай попадают в плен. Расселу удаётся спасти Аликс при помощи своего дрона. Он предупреждает девушку о том, что Илая перевезут в Нова Проспект, ужасающую тюрьму Альянса строгого режима, для допроса. Аликс получает пистолет и пару гравитационных перчаток. Перчатки обладают индикаторами, позволяющими Аликс отслеживать своё здоровье, запас смолы и боеприпасов, а также притягивать небольшие объекты. [HEADING=2]За кулисами[/HEADING] [LIST] [*]Название главы повторяет название главы 9а в [I]Half-Life 2[/I].[*]Изначально глава называлась «[I]Intro World[/I]».
[/LIST] [HEADING=1]Глава 2: [I]Карантинная зона[/I] (англ. [I]The Quarantine Zone[/I])[/HEADING] [QUOTE] Тут рядом есть второй поезд, который тоже идёт из Сити-17 и проезжает через Зону карантина. — [I]Рассел[/I] [/QUOTE]
Аликс отправляется в Карантинную зону за пределами Сити 17, чтобы перехватить поезд-бритву, на котором перевозят Илая. По пути она встречает эксцентричного вортигонта по имени Гэри, намекающего на преждевременную смерть Илая в будущем. Гэри объясняет, что Альянс провёл операцию на его мозге, из-за которой он оказался отрезан от ворт-эссенции. Он просит Аликс помочь ему освободить своих собратьев, используемых в качестве биологических батарей для поддержки Хранилища в воздухе.
[HEADING=2]За кулисами[/HEADING] [LIST] [*]Изначально глава называлась «[I]Quarantine Entrance[/I]».[/LIST] [HEADING=1]Глава 3: [I]Уже или будет[/I] (англ. [I]Is Or Will Be[/I])[/HEADING] [QUOTE] Я помогу самой Аликс Вэнс! Ищи Северную звезду. — [I]Гэри[/I] [/QUOTE]
Добравшись до развилки Фэрвью, Аликс пускает поезд под откос, убивая трёх советников, находящихся внутри. Гэри спасает Илая из поезда, и Илай предупреждает Аликс, что, находясь в заключении, он узнал, что Альянс содержит некое оружие в парящем над Карантинной зоной хранилище. Гэри призывает Аликс «искать Северную звезду», чтобы добраться и проникнуть в Хранилище и добыть оружие прежде, чем Альянс переместит его в более безопасное место. Аликс не понимает намёков Гэри и поэтому считает его слова присущей вортигонтам манерой говорить загадками. Впоследствии она узнаёт, что тот имел в виду буквальное значение.
[HEADING=2]За кулисами[/HEADING] [LIST] [*]Изначально глава называлась «[I]Station Street[/I]».[/LIST] [HEADING=1]Глава 4: [I]Супероружие[/I] (англ. [I]Superweapon[/I])[/HEADING] Аликс пробирается по станции метро «Сады Терминала», где она сталкивается с посланными за ней отрядами Альянса, после чего выходит наружу прямо перед гостиницей «Северная звезда», упоминавшейся ранее Гэри. [HEADING=2]За кулисами[/HEADING] [LIST] [*]Изначально глава называлась «[I]Processing Plant[/I]».
[/LIST] [HEADING=1]Глава 5: [I]Северная звезда[/I] (англ. [I]The Northern Star[/I])[/HEADING] [QUOTE] Вортигонты извлекут себя и добьются отмщения. Ты должна идти к оружию. — [I]Вортигонт[/I] [/QUOTE]
Аликс входит в гостиницу и поднимается на её крышу, идя по помещениям, целиком заросшим флорой Зена. Здесь она сталкивается с воскресителями, хедкрабами, способными вселяться в тела и генерировать электричество. В это же время за Аликс охотятся силы Альянса.
В конце концов Аликс вырубает одну из многих подстанций, поддерживающих Хранилище в воздухе. Она узнаёт, что каждая подстанция содержит пленённого вортигонта, каждого из которых заставляют давать электрическую энергию для подпитки Хранилища. Благодарный за освобождение вортигонт обещает вызволить и собрать своих сородичей, чтобы отключить оставшиеся подстанции.
[HEADING=2]За кулисами[/HEADING] [LIST] [*]Изначально глава называлась «[I]Distillery[/I]».[/LIST] [HEADING=1]Глава 6: [I]Гонка вооружений[/I] (англ. [I]Arms Race[/I])[/HEADING] Аликс оказывается в заброшенной промышленной зоне и пробирается по зданию, переполненному зомби, барнаклами и пехотинцами, а затем попадает в заминированную комнату, преграждающую ей путь на строительную площадку. Девушка разминирует взрывчатку, выходит на площадку, сражается с солдатами Альянса и решив головоломку со строительным подъёмником, попадает в здание винодельни. [HEADING=2]За кулисами[/HEADING] [LIST] [*]Изначально глава называлась «[I]Parking Garage[/I]».
[/LIST] [HEADING=1]Глава 7: [I]Джефф[/I] (англ. [I]Jeff[/I])[/HEADING] [QUOTE] Я пошёл. Удачи тебе. И не стоит недооценивать нашего приятеля Джеффа. Он, ну, в общем он не из терпеливых. — [I]Ларри[/I] [/QUOTE]
На заводе Аликс встречает выжившего по имени Ларри, предупреждающего её о живущем на предприятии чудовищном монстре, которого он называет Джеффом. Джефф по-видимому мутировал из-за контакта со спорами Зена, что превратило его в жуткое и беспощадное существо, слепое, но обладающее отменным слухом. Аликс перемещается по заводу, всячески стараясь избегать Джеффа, и в определённый момент запирает монстра в мусорном прессе.
[HEADING=1]Глава 8: [I]Неволя[/I] (англ. [I]Captivity[/I])[/HEADING] Аликс спускается к заброшенному зоопарку и в сеть тоннелей, переполненных муравьиными львами. Илай связывается с ней и предупреждает, что Хранилище построено не для того, чтобы содержать оружие, а как тюрьма для чего-то или кого-то, вызывающего страх даже у Альянса. Хранилище, как становится заметно, было построено на месте многоэтажного здания для содержания пленника и поднято в воздухе в качестве особой меры предосторожности. Аликс продолжает путь, решая вместе с отцом, что пленник может помочь в борьбе с Альянсом. [HEADING=1]Глава 9: [I]Откровения[/I] (англ. [I]Revelations[/I])[/HEADING] [QUOTE] Слушайте, он выжил в Чёрной Мезе. Он устроил апокалипсис, а потом просто испарился. Мы наконец поймали его, а вы собираетесь снова его упустить? — [I]Учёная[/I] [/QUOTE]После отключения последней подстанции Хранилище начинает падать. Однако, аварийное устройство создаёт поле, поддерживающее Хранилище в воздухе. Аликс сразу же направляется к нему, чтобы отключить. Сразив множество муравьиных львов и солдат, она проникает в здание, где подслушивает переговоры таинственной учёной с советником. Женщину злит неспособность сил Альянса защитить Хранилище. Она уговаривает советника переместить Хранилище как можно скорее, пока Аликс не добралась до него. В ходе разговора учёная упоминает, что пленник пережил Инцидент в Чёрной Мезе. Из её слов Илай догадывается, что в Хранилище заключён Гордон Фримен, после чего объясняет дочери, насколько важно освободить его.
[HEADING=1]Глава 10: [I]Взлом с проникновением[/I] (англ. [I]Breaking and Entering[/I])[/HEADING] Аликс сражается с силами Альянса и наконец вызывает падение Хранилища. После этого Аликс приходит в себя посреди руин и идёт по разрушенной парковке. Аликс побеждает выживших солдат и подключает энергию к лифту, однако в этот момент пробуждается лежащий рядом страйдер и начинает стрелять в неё. Аликс бежит от него по развалинам, попутно отбиваясь от нападающих солдат. Вскоре Аликс обнаруживает стационарный гранатомёт, прицепленный к сломанному автозаку и использует его для уничтожения страйдера.Через несколько мгновений Аликс заходит в тяговой луч, который уносит её вместе с другими объектами в Хранилище. Рассел желает Аликс удачи, когда та уже находится в воздухе. В последний момент вмешивается Илай с предупреждением, которое он не успевает закончить из-за вызываемых структурой радиопомех.
[HEADING=1]Глава 11: [I]Точка извлечения[/I] (англ. [I]Point Extraction[/I])[/HEADING] [QUOTE] Некоторые считают, что судьба наших миров неизменна. Мои наниматели не согласны. Время от времени они поручают мне… подтолкнуть ход событий в определённом направлении. — [I]G-Man[/I] [/QUOTE]В Хранилище Аликс обнаруживает многоэтажное здание, вокруг которого была построена структура. Оно выглядит заброшенным, но при этом пребывающем в сюрреалистическом состоянии: спальни, кухни и гостиные наложены друг поверх друга, а жильцы будто бы застыли в точке во времени и постоянно то исчезают, то появляются. Здание пропитано неописуемыми физическими феноменами, по-видимому находящимися под влиянием сильного пространственно-временного возмущения, делающего его существование странным и непредсказуемым.
Аликс путешествует по внутренним помещениям Хранилища, борясь с последними защитниками Хранилища при помощи некой формы энергии, похожей на ту, которой обладают вортигонты. После победы над солдатами девушка пересекает энергетический мост и находит странную икосаэдрическую камеру, которую она открывает. Вместо Гордона Фримена внутри она находит G-Man’а, таинственное человекоподобное существо, обладающее невероятным уровнем власти над временем и пространством.
G-Man объясняет, что его наниматели периодически поручают ему подталкивать ход судьбы, а поэтому в благодарность за освобождение он предлагает ей оказать услугу по её желанию. Аликс просит убрать Альянс с Земли, но, по словам G-Man’а, это слишком серьёзная услуга, которая к тому же противоречит желаниям его нанимателей, а потому он вынужден отказать. Вместо этого G-Man даёт Аликс шанс спасти своего отца и показывает ей будущее, в котором Илая убивает советник, на момент окончания [I]Episode Two[/I]. Аликс использует новообретённую энергию для убийства советника, спасения Илая и изменения его судьбы. G-Man остаётся довольным и утверждает, что Аликс показала, что способна заменить собой Гордона, в котором G-Man разочаровался из-за нежелания или невозможности того выполнить возложенную на него миссию. После этого G-Man уходит и, несмотря на возражения Аликс, оставляет её в стазисе.
В сцене после титров Гордон Фримен приходит в себя на повстанческой базе Белая Роща в ангаре, где он находился на момент окончания [I]Half-Life 2: Episode 2[/I]. Илай жив, но Аликс исчезла. Илай выходит из себя из-за того, что G-Man забрал его дочь, и обещает убить его. С дальнего левого конца ангара G-Man недолго наблюдает за Илаем и Гордоном, после чего уходит и исчезает. Робот Аликс Пёс подходит к Илаю и передаёт ему монтировку, которую тот, в свою очередь, протягивает Гордону со словами о том, что им предстоит поработать.
[HEADING=2]За кулисами[/HEADING] [LIST] [*]Название главы отсылает к названию первой главы [I]Half-Life 2[/I].[/LIST]